Подрядчик, применяющий УСН, выставил первичные документы, в частности акт о приемке выполненных работ (форма КС-2), с выделенной суммой НДС. Должен ли он уплатить налог в бюджет, если счет-фактуру к этой первичке он не оформлял?

Нет, не должен.

По общему правилу упрощенцы не являются плательщиками НДС. Если же плательщик УСН выставил счет-фактуру с выделенной суммой налога, то ему придется перечислять в бюджет соответствующую суммы НДС.

Поскольку в данном случае НДС был выделен только в первичке, а счет-фактура не выставлялся, обязанности по уплате налога у упрощенца не возникает.

Документ: Письмо ФНС от 26.05.2023 № СД-4-3/6648

Источник: сайт издательства «Главная книга»