С сумм заработной платы работодатель должен начислить и уплатить в бюджет НДФЛ и страховые взносы. А где компания взяла деньги на зарплату, совершенно неважно.
То есть обязанности НДФЛ-агента и плательщика взносов в отношении выплачиваемого зарплатного дохода возникают у работодателя в том числе в случае, когда зарплата выплачивается за счет средств займа.
Кстати, то же относится и к зарплате, выплачиваемой за счет средств «коронавирусного» невозвратного кредита и/или зарплатной субсидии.
Также вам может пригодиться в работе Обзор КонсультантПлюс: «Кредиты для пострадавшего бизнеса: обзор последних изменений».
Документ: Письмо Минфина от 27.10.2020 № 03-04-06/93233
Источник: сайт издательства «Главная книга»